| 1982(昭和57)年 6月 | 国立大学共同利用機関所長懇談会が「国立大学共同利用機関における大学院の設置について」を要望 |
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| 1986(昭和61)年 4月 | 国立大学共同利用機関所長懇談会が「大学院問題に関するワーキング・グループ」での検討結果に基づき「総合研究大学院大学の基本構想について」を取りまとめ 岡崎国立共同研究機構に総合研究大学院創設準備調査室及び同創設準備調査委員会を設置 |
| 1987(昭和62)年 3月 | 総合研究大学院創設準備調査委員会が「総合研究大学院の基本構想」を取りまとめ |
| 5月 | 岡崎国立共同研究機構に総合研究大学院創設準備室及び同創設準備委員会を設置 |
| 7月 | 総合研究大学院創設準備委員会が「総合研究大学院大学（仮称）の創設準備について－中間まとめ－」を取りまとめ |
| 1988(昭和63)年 4月 | 岡崎国立共同研究機構に総合研究大学院大学創設準備室及び同創設準備委員会を設置 |
| 5月 | 本学の設置を規定した「国立学校設置法の一部を改正する法律（1988(昭和63)年法律第67号）」公布、施行 |
| 9月 | 総合研究大学院大学創設準備委員会が「総合研究大学院大学の創設準備について」を取りまとめ |
| 10月 | 総合研究大学院大学開学 大学本部は東京工業大学長津田キャンパス内に設置 数物科学研究科 統計科学専攻 加速器科学専攻 放射光科学専攻 構造分子科学専攻 機能分子科学専攻 生命科学研究科 遺伝学専攻 分子生物機構論専攻 生理科学専攻 （学生受入は1989(平成元)年4月） 初代学長に長倉三郎（理学博士）就任 |
| 1989(平成1)年 4月 | 文化科学研究科（地域文化学専攻、比較文化学専攻）を設置 3研究科学生受入 |
| 1991(平成3)年 4月 | 教育研究交流センター設置 |
| 1992(平成4)年 4月 | 文化科学研究科に国際日本研究専攻、数物科学研究科に天文科学専攻及び核融合科学専攻設置、学生受入 |
| 1993(平成5)年 4月 | 数物科学研究科に極域科学専攻設置、学生受入 |
| 1994(平成6)年 2月 | 神奈川県の斡旋により、三浦郡葉山町に本部用地（27,000m²）を（株）三井不動産から寄附により取得 |
| 3月 | 葉山キャンパスにおいて本部共通棟（4,205m²）着工 |
| 6月 | 教育研究情報資料センター設置 |
| 1995(平成7)年 2月 | 大学本部は葉山キャンパスに移転、本部共通棟竣功 |
| 4月 | 2代学長に廣田榮治（理学博士）就任 |
| 1997(平成9)年 4月 | 先導科学研究科（生命体科学専攻）を設置 （学生受入は1999(平成11)年4月） |
| 1998(平成10)年 4月 | 先導科学研究科に光科学専攻設置 （学生受入は1999(平成11)年4月） 数物科学研究科放射光科学専攻を物質構造科学専攻に名称変更 |
| 9月 | 葉山キャンパスにおいて先導科学研究科棟（3,060m²）着工 |
| 1999(平成11)年 4月 | 文化科学研究科に日本歴史研究専攻、数物科学研究科に素粒子原子核専攻設置、学生受入 先導科学研究科学生受入 |
| 1999(平成11)年 6月 | 先導科学研究科棟竣功 |
| 2001(平成13)年 4月 | 3代学長に小平桂一（理学博士）就任 文化科学研究科にメディア社会文化専攻設置、学生受入 |
| 7月 | 葉山キャンパスにおいて図書館棟（1,427m²）着工 |
| 2002(平成14)年 2月 | 図書館棟竣功 |
| 4月 | 数物科学研究科に情報学専攻設置、学生受入 |
| 2003(平成15)年 4月 | 文化科学研究科に日本文学研究専攻、数物科学研究科に宇宙科学専攻設置、学生受入 |
| 10月 | 「国立大学法人法（2003(平成15)年法律第112号）」公布、施行 |
| 2004(平成16)年 4月 | 国立大学法人総合研究大学院大学発足 学長に小平桂一（理学博士）就任 数物科学研究科を物理科学研究科（構造分子科学専攻、機能分子科学専攻、天文科学専攻、核融合科学専攻、宇宙科学専攻）、高エネルギー加速器科学研究科（加速器科学専攻、物質構造科学専攻、素粒子原子核専攻）、複合科学研究科（統計科学専攻、極域科学専攻、情報学専攻）の3研究科に改組、数物科学研究科を廃止生命科学研究科を後期3年博士課程から5年一貫制博士課程コースに改組、学生受入教育研究交流センター及び教育研究情報資料センターを統合し、葉山高等研究センターに改組 |
| 2005(平成17)年 4月 | 生命科学研究科分子生物機構論専攻を基礎生物学専攻に名称変更 |
| 2006(平成18)年 4月 | 物理化学研究科、高エネルギー加速器科学研究科、複合科学研究科を博士後期課程から博士後期課程を併設した5年一貫制博士課程に改組、学生受入 |
| 2007(平成19)年 4月 | 先導科学研究科は生命体科学専攻、光科学専攻（博士後期課程のみ）を、生命共生体進化学専攻（博士後期課程を併設した5年一貫制博士課程）に改組、学生受入 |
| 2008(平成20)年 4月 | 4代学長に髙畑尚之（理学博士）就任 |
| 2009(平成21)年 4月 | メディア社会文化専攻の学生募集停止 |
| 2010(平成22)年 4月 | 葉山高等研究センターを学融合推進センターに名称変更 |
