先導科学研究科は、大学共同利用機関と共同して、国際性豊かで高度な大学院教育及び学問の新分野を開拓し、学問分野にとらわれない創造性豊かな研究者を養成する、という本学設立理念を実施する研究科として位置付けられます。また、研究科の名称である「先導科学」とは、一般的な学問分野を表わす名称ではなく、本学設立理念である科学の新しい流れを創造する先導的学問分野の開拓を目指すための研究科であることを表現しています。
　本研究科では従来の縦割り的な専門分野を横断し、先導的な学問領域の確立を目指して、「生命体科学」及び「光科学」の教育研究分野を設定しています。また平成19年度より5年一貫制博士課程の「生命共生体進化学専攻」を開設しました。生命共生体進化学専攻においては葉山キャンパスを中心に活動します。