甲田 信一

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論文一覧（最新5件）

• • dmf-g16: A Gaussian Wrapper for Reliable Double-Ended Transition-State Searches with Native Input Formats
  • DOI: 10.26434/chemrxiv.10001592/v1
  • 出版年: 2026
  • URL: https://researchmap.jp/shinichikoda/published_papers/52113221
• • Osimertinib’s Proton-Catalyzed, Pseudoconcerted EGFR Inhibition Guides Next-Generation Inhibitor Design
  • DOI: 10.1021/acs.jcim.5c02787
  • 出版年: 2026
  • ジャーナル名: Journal of Chemical Information and Modeling
  • URL: https://researchmap.jp/shinichikoda/published_papers/51988618
• • Correlated Flat-Bottom Elastic Network Model for Improved Bond Rearrangement in Reaction Paths
  • DOI: 10.1021/acs.jctc.4c01549
  • 出版社: American Chemical Society (ACS)
  • 出版年: 2025
  • ジャーナル名: Journal of Chemical Theory and Computation
  • URL: https://researchmap.jp/shinichikoda/published_papers/47242637
• • General and scalable atom-to-atom mapping via Weisfeiler–Lehman-like approximate graph matching
  • DOI: 10.26434/chemrxiv-2025-hthwn
  • 出版年: 2025
  • URL: https://researchmap.jp/shinichikoda/published_papers/51745927
• • Flat-Bottom Elastic Network Model for Generating Improved Plausible Reaction Paths
  • DOI: 10.1021/acs.jctc.4c00792
  • 出版社: American Chemical Society (ACS)
  • 出版年: 2024
  • ジャーナル名: Journal of Chemical Theory and Computation
  • URL: https://researchmap.jp/shinichikoda/published_papers/47021358

KAKEN（研究代表者）

研究課題一覧（最新5件）

• • 頑健かつ効率的な両端指定型経路探索に基づく錯体触媒反応機構の自動探索の基盤構築
  • 2026-2029
  • URL: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26K08297
• • シアノバクテリア時計タンパク質振動子の出力分子機構の理論的解明
  • 2022-2025
  • キーワード: 反応経路探索, 遷移状態探索, 体内時計, 概日リズム, シアノバクテリア, KaiB, 最小エネルギー経路, 反応モデル
  • URL: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K14652
• • 時計タンパク質における時空間階層運動の協奏が創る機能発現機構の理論的解明
  • 2018-2021
  • キーワード: 体内時計, シアノバクテリア, 時計タンパク質, 数理モデル, 概日リズム, 反応モデル, ATP加水分解, 階層性, シミュレーション
  • URL: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18K14185

CiNii Articles（最新５件）

• • Multimeric structure enables the acceleration of KaiB-KaiC complex formation induced by ADP/ATP exchange inhibition
  • 著者: Shin-ichi Koda, Shinji Saito
  • 出版日: 2022/3/7
  • 出版社: Public Library of Science (PLoS)
  • ジャーナル名: PLOS Computational Biology
  • キーワード: Adenosine Triphosphatases, QH301-705.5, Circadian Rhythm Signaling Peptides and Proteins, Acceleration, Circadian Rhythm, Adenosine Diphosphate, Adenosine Triphosphate, Bacterial Proteins, Biology (General), Phosphorylation, Research Article, Protein Binding
  • URL: https://cir.nii.ac.jp/crid/1360579811522012288
• • An alternative interpretation of the slow KaiB-KaiC binding of the cyanobacterial clock proteins
  • 著者: Shin-ichi Koda, Shinji Saito
  • 出版日: 2020/4/23
  • 出版社: openRxiv
  • ジャーナル名: Scientific Reports
  • キーワード: Bacterial Proteins, Circadian Rhythm Signaling Peptides and Proteins, Protein Conformation, Cyanobacteria, Models, Biological, Article, Circadian Rhythm, Protein Binding
  • URL: https://cir.nii.ac.jp/crid/1360022307166759936