岡崎 圭一

領域 物理科学領域
コース 分子科学コース
基盤機関 分子科学研究所
学位 博士（理学）, 神戸大学
職位 准教授
外部リンク https://researchmap.jp/keokazaki
https://nrid.nii.ac.jp/ja/nrid/1000050792529/
https://orcid.org/0000-0003-2168-3069
https://scholar.google.com/citations?user=l8aq8wkAAAAJ&hl=en

キーワード

生体分子マシン,理論生物物理学,分子シミュレーション,計算分子科学

論文一覧（最新5件）

研究課題一覧（最新5件）

    • AlphaFoldと分子シミュレーションの統合による分子モーターの構造変化制御
    • 2025-2026
    • キーワード: 生体分子モーター, 分子シミュレーション, AlphaFold, 構造予測AI, ATP合成酵素
    • URL: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PUBLICLY-25H02299
    • 細胞膜変形分子マシンの動作メカニズム：多量体形成と構造変化による膜変形の理論研究
    • 2024-2025
    • キーワード: 生体分子モーター, 分子シミュレーション, 粗視化モデル, 細胞膜, 構造変化, GTP加水分解, 細胞膜変形分子マシン, ダイナミン, 生体分子マシン, GTP
    • URL: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23K23858
    • トランスポーターの基質輸送速度を変える変異の理論的予測
    • 2018-2020
    • キーワード: トランスポーター, 分子動力学シミュレーション, 遷移パス, 基質輸送速度, 疎水性ゲート, 生体膜マイクロチップ
    • URL: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18H02415
    • Investigating the hyperparameter space of deep neural network models for reaction coordinates
    • 著者: 川島, 恭平, 佐藤, 拓海, 岡崎, 圭一, 金, 鋼, 松林, 伸幸, 森, 俊文
    • 出版日: 2025/3/13
    • 出版社: AIP Publishing
    • ジャーナル名: APL Machine Learning
    • キーワード: Molecular dynamics, Electrostatics, Information theory entropy, Artificial neural networks, Machine learning, Monte Carlo methods, Isomerization, Reaction mechanisms, Peptides, Gaussian processes
    • URL: https://cir.nii.ac.jp/crid/1050304018147588992
    • Updating view of membrane transport proteins by simulation studies
    • 著者: Sumikama Takashi, Corry Ben, Ono Junichi, Kobayashi Chigusa, Okazaki Kei-ichi
    • 出版日: 2023
    • 出版社: 一般社団法人 日本生物物理学会
    • ジャーナル名: Biophysics and Physicobiology
    • キーワード: QH301-705.5, Physiology, Physics, QC1-999, QP1-981, Biology (General), Commentary and Perspective
    • URL: https://cir.nii.ac.jp/crid/1390579675959764608
    • Explaining reaction coordinates of alanine dipeptide isomerization obtained from deep neural networks using Explainable Artificial Intelligence (XAI)
    • 著者: 菊辻, 卓真, 森, 勇介, 岡崎, 圭一, 森, 俊文, Kim, Kang, 松林, 伸幸
    • 出版日: 2022/4/19
    • 出版社: AIP Publishing
    • ジャーナル名: The journal of chemical physics
    • キーワード: Chemical Physics (physics.chem-ph), Alanine, FOS: Physical sciences, Dipeptides, Condensed Matter - Soft Condensed Matter, Isomerism, Artificial Intelligence, Physics - Chemical Physics, Soft Condensed Matter (cond-mat.soft), Neural Networks, Computer
    • URL: https://cir.nii.ac.jp/crid/1050298532703511552
    • Optimizing Gō-MARTINI Coarse-Grained Model for F-BAR Protein on Lipid Membrane
    • 著者: Md. Iqbal Mahmood, Adolfo B. Poma, Kei-ichi Okazaki
    • 出版日: 2021/2/22
    • 出版社: Frontiers Media SA
    • ジャーナル名: Frontiers in Molecular Biosciences
    • キーワード: MARTINI force field, QH301-705.5, Pacsin, molecular dynamics simulation, Gō model, membrane remodeling, Biology (General)
    • URL: https://cir.nii.ac.jp/crid/1360009142674524288
    • Learning reaction coordinates via cross-entropy minimization: Application to alanine dipeptide
    • 著者: Yusuke Mori, Kei-ichi Okazaki, Toshifumi Mori, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi
    • 出版日: 2020/8/5
    • 出版社: AIP Publishing
    • ジャーナル名: The Journal of Chemical Physics
    • キーワード: Chemical Physics (physics.chem-ph), Statistical Mechanics (cond-mat.stat-mech), Protein Conformation, Entropy, FOS: Physical sciences, Dipeptides, Molecular Dynamics Simulation, Physics - Chemical Physics, Condensed Matter - Statistical Mechanics
    • URL: https://cir.nii.ac.jp/crid/1360290617849862784

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